ปัจจุบัน ศัลยศาสตร์ศิริราชประกอบด้วยสาขาวิชามากที่สุดถึง 10 สาขา ได้แก่ สาขาศัลยศาสตร์ศีรษะ คอ และเต้านม สาขากุมารศัลยศาสตร์ สาขาศัลยศาสตร์หลอดเลือด สาขาศัลยศาสตร์อุบัติเหตุ สาขาประสาทศัลยศาสตร์ สาขาศัลยศาสตร์ยูโรวิทยา สาขาศัลยศาสตร์ฉุกเฉินและการบริบาลผู้ป่วยนอก สาขาศัลยศาสตร์ทั่วไป สาขาศัลยศาสตร์ตกแต่ง และสาขาศัลยศาสตร์หัวใจและทรวงอก
พิพิธภัณฑ์ศัลยศาสตร์ศิริราช จึงเกิดขึ้นในรูปโฉมใหม่ด้วยการจัดแสดงที่โดดเด่น ตั้งแต่ยุคแรกเริ่มของประวัติศาสตร์ศัลยศาสตร์ในประเทศไทย สู่ยุคเทคโนโลยีขั้นสูง รวบรวมเรื่องราวเกี่ยวกับวิวัฒนาการของการผ่าตัดด้านต่างๆ อย่างลึกซึ้ง ลำดับเหตุการณ์สำคัญในประวัติศาสตร์วงการศัลยกรรมไทย สู่โซนจัดแสดงประวัติศาสตร์ของชุดผ่าตัด เครื่องมือและองค์ประกอบพื้นฐานของการผ่าตัด
และนำผลการประเมินไปพัฒนาปรับปรุงแก้ไขงานให้มีคุณภาพอย่างต่อเนื่อง